巴西的進出口管理制度主要分為進出口管理部門、進口管理、出口管理這三部分。
1. 進出口管理部門
巴西外貿委員會是巴西對外貿易政策的最高決策機構，發展、工業和外貿部是對外貿易政策的執行部門。根據巴西政府1992年9月25日第660號令，“巴西外貿網”（Sistema Integrado de Comércio Exterior - SISCOMEX）是巴西統一管理對外貿易的網絡系統。巴西發展、工業和外貿部外貿局、財政部稅務總局、中央銀行等外貿管理部門通過該網站對進口業務實
施從審批進口許可到繳納關稅的一體化分步管理。所有進出口操作都必須通過該網站進行。 “巴西外貿網”除了鏈接外貿管理部門外，還鏈接進口商、報關行、運輸商、倉儲商及金融機構。
巴西海關對進口報關貨物實行抽檢的方式，即按照綠色、黃色、紅色三種不同顏色分類處理。綠色即報關貨物可全部免檢，並自動通關；黃色即僅檢查報關文件，核實後，貨物自動通關；紅色即報關文件和貨物均需經過檢查後方能通關。根據規定，海關應在5個工作日之內提出驗貨結果，驗貨時當事人應在場，貨物若需要取樣檢驗，所發生費用由當事人承擔。
2. 進口管理
巴西有關進出口管理的法令是2003年12月1日公佈的《部級法令合編》。巴西的進口管理主要有進口單據證、通關程
序、進口許可證和配額。
(1) 進口單據證
進口單據證包括商業發票、提單、原產地證明和衛生許可證明。商業發票需5份，用英文或葡萄牙文填寫。發票必須由製造商、銷售商和中間商分別填寫詳細的有關裝船的情況，並附有英、葡兩種文字的產品說明。發票還應申明產地和確切的價格。海關對於沒有呈報商業發票的行為處以罰款，罰金等同關稅。如果商業發票與報關單不符，罰金是關稅的15%。提單要求有1份正本提單和3份不可轉讓的提貨單；1份附在商業發票後，所有的提貨單或貨運清單必須用數字和文字註明運費。原產地證明一般無需呈送；若需要，則應備有2份正式的原產地證，並附有公證及其領事認證。衛生許可證主要指動植物及其物品，如種子、花卉等。衛生證明必須公證，此外還必須辦理領事認證。
(2) 通關程序
如果進口貨物需要進口許可證，巴西進口商一般應在貨物裝船前向巴西工商部外貿局（DECEX）提出申請，進口許可證的有效期為60天。貨物到港後90天內，進口商應辦理報關手續，將進口申報單輸入“巴西外貿網”進口登記，開始報關程序，同時必須向海關提供裝船單、商業發票、納稅單據以及原產地證明、商檢證明和動植物檢驗證明（如果需要的話）。申報
單必須按聯邦稅務總局的規定格式填寫。海關收到上述材料後，對於申報內容和貨物進行核實，如無問題，通過“巴西外貿網”授權通關，進口商即可提貨。
(3) 進口許可證
巴西進口大部分商品都必須辦理進口許可證，分為“自動進口許可證”和“非自動進口許可證”兩種。自動進口許可證審批過程比較簡單且自動批准。非自動進口許可證管理的產品主要包括需要經過衛生檢疫、特殊質量測試的產品，對民族工業有衝擊的產品及高科技產品，以及軍用物資等國家重點控制的產品，具體涉及大蒜、蘑菇、絕大部分化工產品、絕大部分醫藥原料和成品、動植物產品、輪胎、紡織品、玻璃製品、家用陶瓷器皿、鎖具、電扇、電子計算器、磁鐵、摩托車、自行車、玩具、鉛筆等。申請非自動許可證的審批過程比較複雜，需要出示各種文件和證明，並要經相關機構會簽，通常在貨物裝船前或
視情況在報關前進行。
2009年1月，巴西政府宣布將對包括紡織品，麵粉工業用穀物、礦質燃料、鐵礦、運輸用材料、汽車、玩具、光學儀器及手術器材、玩具、鞋子、成衣和照相機在內的24種進口產品實行許可證制度。一旦被認定為可以進口，涉及該產品的進口許可證將在10日內發放。
(4) 配額
紡織品：2008年，中國紡織服裝產品出口巴西仍根據巴西發展工業外貿部於2007年1月17日起實施的《巴西聯邦共和國發展工業外貿部與中華人民共和國商務部關於加強貿易投資領域諒解備忘錄》中有關數量限制的規定執行。
沙丁魚：2008年5月5日，巴西工貿部外貿秘書處公佈了第6號法令，規定對南錐體共同對外關稅號為0303.71.00的沙丁魚徵稅2%，2007年5月21日至2008年5月20日間全球配額為6萬噸，2008年4月16日至2009年4月15日間全球配額為8萬噸。
陰性電極棒：2007年12月4日，巴西工貿部外貿秘書處公佈了第39號法令，規定對南錐體共同對外關稅號為8545.90.90的用於生產初級鋁的陰性電極棒徵稅2%，全球配額為8186噸，有效期為2007年11月30日至2008年11月29日。
氯氰芐產品：自2008年3月8日起，巴西對南錐體共同對外關稅號為2926.90.91的氯氰芐產品徵稅2％，配額仍為4萬噸，
有效期12個月。
棕櫚仁油：2008年9月11日巴西外貿委員會公佈了第55號決議，後分別經2008年9月1日巴西工貿部外貿秘書處公佈的第18號法令和2008年9月30日公佈的第22號法令修改。規定對南錐體共同對外關稅號為1512.21.10的棕櫚油徵稅2%，配額為7.25萬噸，有效期為2008年8月1日至2009年8月1日。
2009年4月29日，巴西外貿委員會決定將棕櫚仁油（南共市關稅號1513.29.10）的進口關稅下調至2%，配額15萬噸，有效期12個月。同時將碳素鋼板（南共市關稅號7208.51.00）的進口關稅由12%降至2%，配額3萬噸，有效期12個月。據悉，碳素鋼闆對酸性物質具有抗腐蝕性，主要用於石油天然氣管道工程。
三磷酸鹽：2008年8月13日，巴西開始把三磷酸鹽（南錐體稅號2835.31.90）進口關稅從10%臨時下調至2%。該措施實施期限為12個月，全球進口配額904萬噸。
碳合金鋼管：2008年6月12日，巴西外貿委員會通過第34號決議，決定將稅則號為7305.12.00的碳合金鋼管進口關稅從原來的14%降至2%，全球配額為38794噸，上述決議的有效期為3個月，自發布之日起生效。
3. 出口管理
巴西的出口管理主要分為出口許可和出口促進這兩部分。
(1) 出口許可
巴西對部分出口產品實行預先許可製度。 2008年，巴西規定仍需申請出口許可的產品包括部分活動物、活植物；部分礦物燃料、礦物油及其蒸餾產品；部分化工業及其相關工業的產品；部分有機化學品；部分藥品；木及木製品；核反應堆、鍋爐、機器、機械器具機器零件；部分車輛機器零部件；部分航空器、航天器及其零件；武器、彈藥及其零附件。
(2) 出口促進
為鼓勵出口，巴西財政部宣布，自2008年3月17日起，取消出口結匯限制，出口企業必須將出口外匯留在國內的比例由目前的70%降至0，取消0.38%的出口金融操作稅（IOF）；另外，對進入收益固定的基金和國債領域的外資徵收1.5%的金融操作稅。
2008年5月13日巴西外貿委員會公佈第29號決議，確定了微型、小型和微小企業在經營中利用出口信用保險的方針以及可得到出口保障基金和聯邦保障基金的支持。有關企業需滿足的條件如下：微型和小型和微小企業需同時滿足年淨營業額不超過6000萬雷亞爾，年出口額不超過100萬美元的條件。聯邦保障基金將在企業裝船前和裝船後間或者裝船後階段提供。在企業裝船前和裝船後間的融資應由同一金融機構提供。
2008年5月16日，巴西工貿部外貿秘書處公佈了第8號法令，將可在SISCOMEX系統登記註冊“出口簡化登記”的出口業務規定改為可立即裝船出口且結彙在5萬雷亞爾（或相同金額的其他貨幣）以下。
2008年9月3日，巴西發展工業外貿部發布了“2008—2010年巴西出口戰略計劃”，該計劃旨在實現巴西政府2008年5月發布的新產業政策（PDP）中的兩項目標，即擴大巴西在國際貿易中的佔比以及使更多小型企業進入市場並成為國家出口的基礎。巴西出口戰略計劃制定了五大宏觀目標：增強巴西出口競爭力；增加出口產品附加值；增強出口基礎；擴大市場准入和加強服務業出口。
