莫桑比克属热带草原气候，全年分为两季，5-9月为旱季（凉干季），南部平均气温18.3 C°，北部平均气温20.0C°。10-4月为雨季（暖湿季），南、北平均气温分别为26.7C°和29.4C°。
由于莫桑比克地势西北高，东南低，多条河流从东南部入海。东南部大片平原地势平坦，海拔较低。河道上缺少水利控制设施，雨季时雨水多则引发洪涝灾害、少则发生旱灾。此外，受亚热带及热带季风气候影响，雨季时易发生飓风及暴风雨等自然灾害。
